木曽川水系

木曽川水系は長野県から岐阜県・愛知県へと流れる一級河川であり、中央アルプス（木曽山脈）を主な源流域とする。源流部は渓谷が深く、急峻な地形が人の立ち入りを阻む。このことがヤマトイワナの純系個体群を育みやすい環境を形成している。

水温が通年低く保たれる最奥の源流域には、交雑の影響を受けにくい個体群が残存する。中央アルプスの鋭い稜線から流れ落ちる水は、透明度が高く、冷水性魚類にとって良好な生息条件を備えている。