ヤマトイワナ An Endemic Char of the Japanese Alps

体側に朱紅色の有色斑点（朱点）を持つことがヤマトイワナの主要な形態的特徴とされている。この斑点は側線の上下にほぼ一様に分布し、成魚においても色彩が明瞭に保たれることが多い点で他亜種と区別される。

体側の白点斑はイワナ類の中でも最も目立たず、認められないか、あっても極めて少量とされている。明瞭な白点を持つニッコウイワナと対照的な特徴であり、亜種識別の形態的指標のひとつとして位置づけられている。

体色は生息水域の底質・光環境・水質等の影響を受けて変異が生じることが知られており、暗褐色から暗緑褐色まで幅がある。同一水系内においても個体差が認められる。

源流域という餌資源が限られた環境に生息するため成長速度は概して緩やかとされる。記録される個体は概ね20〜35cm程度が多いとされるが、生息環境や個体群によって差がある。

腹部から体側下部にかけて白色から淡い橙色を帯びる場合がある。産卵期には婚姻色として色彩が変化することが知られているが、その程度は個体・環境によって異なる。

背鰭と尾鰭の間に、条のない小型の脂鰭（あぶらびれ）を持つ。これはサケ科魚類に共通する形態的特徴であり、イワナ属（Salvelinus）の系統的位置を示す形質のひとつである。